Validación analítica de un panel de secuenciación masiva en paralelo para la detección de biomarcadores genómicos a partir de ADN tumoral libre en plasma

Abstract

En el presente trabajo se describe el desarrollo de la validación analítica de un panel de secuenciación masiva en paralelo que comprende 33 genes de relevancia clínica en cáncer, a partir de muestras de biopsia líquida. Entre estos genes se encuentran los principales biomarcadores genómicos del cáncer de pulmón de células no pequeñas, el cual representa el 85% de los cánceres de pulmón, que es el de mayor incidencia y mortalidad. La validación implicó el procesamiento de controles sintéticos, muestras clínicas y muestras de donantes sanos, a partir de los cuales se determinaron los parámetros analíticos del ensayo. Para los distintos tipos de variantes se obtuvo un límite de detección de entre 0,2% y 0,33% de frecuencia alélica con una sensibilidad mayor al 95%, y una repetibilidad de entre 89,86% y 99,99%. No se obtuvieron falsos negativos, por lo que se alcanzó un 99,99% de especificidad y de Valor Predictivo Positivo para todos los tipos de variantes. Los resultados demuestran que este ensayo es robusto y satisface los requerimientos para su aplicación en la rutina clínica, con un gran potencial impacto para pacientes en Argentina y Latinoamérica.